Krok 4

Díky hořlavosti vodíku je potřeba též předělat systém zapalování, samozřejmě záleží z jakého bodu vycházíte, potom je potřeba předělat zapalování různými způsoby.

 
Běžná zapalovací svíčka se používá též v některých typech vodíkových motorů (obrázek 20).

Lze to shrnout tak, že časování zážehu při vysokých otáčkách motoru se spalovacím motorem přestavěným na vodík by mělo být pozdější než například při klasickém provozu na benzin, kdy je časování zážehu přibližně 25-35 stupňů před horním mrtvým bodem. U vodíkového konvertoru se může časování zážehu při vysokých otáčkách motoru blížit nule, protože rychlost plamene je tak vysoká.
Na druhou stranu se rychlost plamene snižuje s chudší směsí, což se projevuje například při nízkých otáčkách, například při volnoběhu, ale také při nízkém zatížení, kdy je u benzinového motoru časování zážehu přibližně 10 stupňů před horním mrtvým bodem, zatímco u motoru s vodíkovým motorem by mělo být časování zážehu o něco dřívější, aby shořela celá směs.
 
Čaování je potřeba zpomalit narozdíl od motoru s benzínovým palivem  (obrázek 21).

Úprava může být provedena modifikací software kontrolní jednotky vozidla dle požadovaného časování zážehu, kterého chcete dosáhnout v různých podmínkách, kterým bude motor vystaven. 

U starších motorů s tradičním rozdělovačem, který běží rychlostí vačkové hřídele, můžete místo toho použít rozdělovač, který je v opačném směru, než by měl být, což by pak znamenalo, že časování zapalování je sníženo při vyšších otáčkách a zvýšeno při nižších otáčkách, například na volnoběh.

Navíc, zážehové svíčky s platinovou vrchní vrstvou by se neměly používat, protože platinum se chová jako katalyzátor mezi vodíkem a kyslíkem a hrozí riziko samovznícení.

Při plánování předělání běžného spalovacího motoru, který byl předtím poháněn fosilními palivy obsahujícími uhlík, je vice než důležité demontovat všechny části motoru, které mohou obsahovat spaliny či jiné uhlíkové částice jako jsou saze.  Hlava válce se musí rozebrat, aby byl přístup k sazím, které se většinou nachází ve spalovacím prostoru. Ventily by se též měly vyndat, aby mohly být očištěny od spalin, též uvnitř trubic, zvláště na výfukové straně, všechny saze a spaliny musí být odstraněny.  Na povrchu pístů se obvykle též nacházejí usazeniny spalin, které musí být odstraněny. 
Toto důkladné čištění je důležité, abychom zabránili samovznícení, ke kterému může dojít pokud rezidua spalin zůstanou v motoru a snadno se vznítí. Z vodíku nevznikají žádné usazeniny sazí či spalin, protože neobsahuje ani uhlík ani kyslík.