Pro člověka je vodík nebezpečný ve vysokých koncentracích v uzavřených místnostech, kde způsobí snížení obsahu kyslíku ve vdechovaném vzduchu.  Množství vodíku potřebné k vytvoření prostředí s nedostatkem kyslíku je mnohem větší než mez zápalnosti. Z toho plyne, že primárním nebezpečím je riziko výbuchu. Zkapalněný vodík, ale i chladný plyn, který se uvolňuje z kapaliny, mohou při kontaktu s kůží způsobit popáleniny. Kontakt s nedostatečně zaizolovanými zásobníky nebo potrubími s kapalným vodíkem může způsobit přilepení kůže k povrchu a její následné odtržení. Vdechnutí čistého vodíku má za následek ztrátu vědomí a téměř okamžitou smrt.