Všechny paliva obsahují vysokou koncentraci energie a mohou tak být za určitých podmínek nebezpečná. Vodík lze však považovat jako podobně bezpečný nebo dokonce bezpečnější než každé jiné palivo. Vodíkové nádrže jsou testovány kromě standardních crashtestů také tak, aby odolaly střelbě z odstřelovací pušky. Nádrže dokážou odolat dvojnásobnému tlaku, než kterého bude za standardních podmínek dosaženo. Podobně bezpečné jsou i plnicí stanice, které mají celou řadu systémů zaměřující se na bezpečnost při práci s vysokým tlakem.

Výhodou v bezpečnosti použití vodíku je i jeho velmi nízká hustota, kdy při proražení nádrže dojde k jeho rychlému stoupání, proto se neakumuluje v blízkosti nehody. Při požáru tak dojde k tvorbě plamene, který bude stoupat kolmo vzhůru a nedojde tak k požáru vozidla jako je tomu u kapalných fosilních paliv.

Výroba vodíku probíhá již desítky let a nedochází při ní prakticky k žádným mimořádným tragédiím. Vodík je také mimo jiné plyn, který není zdraví škodlivý, nemusíte se tak bát jeho úniku. Systémy v moderních vodíkových elektromobilech jsou navíc vyvíjeny tak, aby se v případě havárie uzavřely a nemohlo tak dojít k náhlému vzplanutí.